培养细胞的污染一旦明确，多数将无法清除，如果污染的细胞不具有重要价值，一旦发现污染后应尽快弃之，以防污染扩大影响其他细胞。因此，应尽力预防污染的发生。防治的关键在于严格无菌操作，把好每一关口，尽可能禁止其他污染的物品进入培养操作环节。为防止污染和抢救有价值的细胞，目前一般可采用以下措施。

（1）抗生素：平时抗生素主要用来杀灭微生物，而细胞培养工作中采用抗生素多为预防污染，一般多种抗生素联合应用。细胞培养中常用的抗生素及用量见附录Ⅳ。但是，已发生微生物污染后再使用抗生素常常难以根除，有的抗生素对细菌仅有抑制作用，而无杀菌效应，反复应用还会使微生物产生抗药性，而且对细胞生长也有一定影响。因此，有人主张培养液中不加抗生素。但当有价值的细胞遭受污染时，还需用抗生素来抢救，一般为常用量的5~10倍作冲击处理。用药24～48h后，再换常规培养液，有时在污染早期此法可能奏效。如为霉菌污染可以考虑采用制霉菌素25μg/mL或酮康唑10μg/mL对细胞进行处理。

（2）加温处理：根据支原体对热敏感的特点，将受支原体污染的细胞放置在41℃作用5～10h，最长不超过18h，以杀灭支原体。但是，如此高温度对细胞的生长也有很大影响，因而在实验前应先用少量细胞做试验，以找出最合适的时间和温度，尽可能保证既杀灭支原体又使细胞不致受到太大损伤。

（3）动物体内接种：将已被支原体污染的细胞接种在同种动物的皮下或腹腔，借动物体内的免疫系统消灭支原体。待一定时间后取出细胞，做原代培养再进行繁殖。

还有巨噬细胞吞噬法等对付支原体的方法，但是，方法都较为烦琐，效果不尽如人意。目前，已有能滤除支原体的新型滤膜系统，可以去除受污染培养用液中的支原体，但不能去除附在细胞上的支原体。