染色（staining）是染色剂和切片组织细胞相结合的过程，目的是使组织标本各部分在光学显微镜下能清晰地显示出来，观察组织的结构和病变（图2-3-37，图2-3-38）。

（一）常规染色方法

苏木素-伊红染色（hematoxylin-eosin staining,H-E）是生物学和医学组织学最广泛应用的染色方法，又称为常规染色方法。H-E染色能清晰显示一般组织结构及病变，胞核染成蓝色，胞浆及间质染成红色，可清晰地观察到各种不同的组织结构，实验病理研究和教学都用H-E染色来观察正常和病变形态结构的变化。但要获得一张优质的 H-E染色片，在染色中有很多微细环节需要注意。例如，苏木素染细胞核这一步需先将组织浓染超过所需程度后，再用盐酸酒精液脱去多余的苏木素染料，才能清晰显示出细胞核中的染色质、核仁等微细结构。这一过程称作“分色”（differentiation，也称为退行性染色），分色时间及分色“程度”的把握，不同组织是有所差别的。如用同一染色时间淋巴结、脾、胰腺苏木素着染就比其他组织深，分化时间也应相对要长一些，才可清楚显示细胞核的微细结构。分色原则一般是碱性染料用弱酸液分色，酸性染料用弱碱液分色。一张满意的 H-E染色片制作，除了从染色剂的质量、染液的着色力、分化程度等进行严格质控之外，石蜡切片质量也是不可忽视的重要前期基础（图2-3-39，图2-3-40）。

（二）特殊染色

用于显示器官组织内特殊组织细胞结构的一类染色方法，称为“特殊染色”。特殊染色可以鉴别在常规H-E染色切片中不能鉴别的结构。例如，Masson 染色可以区别胶原纤维和平滑肌，苏丹染色可鉴别细胞脂肪变性等。有些特殊染色方法只显示一种物质。例如，油红O染色是特异显示脂质的染色。有些特殊染色相对特异性多一些。例如，PAS呈阳性反应包括了糖原、黏蛋白、网织纤维、软骨等多种物质和组织结构。应用特殊染色技术，正确判读特殊染色结果，需多掌握一些特殊染色方法，以充分显示不同动物模型细胞组织结构成分发生的病理形态改变，并结合常规的 HE染色进行综合分析，以达到鉴别和研究目的（图 2-3-41，图 2-3-42）。

（三）组织化学染色

组织化学染色（histochemistry staining，又称组织化学反应）是在组织细胞原位显示其中的各种化学成分，并对这些化学物质进行定性、定位和定量研究，从而分析机体在生理或病理状态下组织细胞的代谢、功能及形态变化规律的方法，也称显微化学。组织化学染色技术应用非常广泛，可用于组织细胞中的无机物质，如钾、钙、镁、锌、铁、铅的显示；有机物质，如糖原、黏多糖、淀粉样物质、纤维素、中性脂肪、游离脂肪酸、胆固醇及磷脂类等的显示；组织细胞中各种酶类，如酸性磷酸酶、碱性磷酸酶、三磷酸腺苷酶、细胞色素氧化酶、过氧化物酶、单胺氧化酶、琥珀酸脱氢酶、乳酸脱氢酶及磷酸化酶等的显示等。不同组织化学方法的原理、操作流程、结果显示等虽有所不同，但均需要保持组织细胞良好的形态结构及其化学组成，以确保组织化学反应产物在原位显示，防止弥散以取得组织化学染色的理想结果。要了解被检测物质的物理特性和化学特性（如水溶性、溶解度、特异反应）及其在组织细胞内的分布、定位等（如酶组织化学染色）必须清楚该酶存在的特定部位、酶促反应的最适温度和最适 pH、酶的特异性激活剂和抑制剂、影响酶活性的因素等。要严格控制化学反应的条件，必须设立各种对照实验，包括阳性对照和阴性对照。选择的试剂必须是分析纯（A.R.），所用玻璃器皿必须清洁、无污染，配制溶液必须使用三蒸水等（图 2-3-43，图 2-3-44）。

（四）免疫组织化学染色

免疫组织化学染色（immunocytochemistry staining,ICC，简称免疫组化）是利用抗原与抗体特异性结合的原理，即用未标记的工抗与组织内的相应抗原结合，再用标记Ⅱ抗与工抗结合，通过荧光显微镜观察或经酶促反应后用显色剂显色，利用光镜观察有色的阳性反应产物来确定组织细胞内抗原，对其进行定位、定性及定量研究，是实验病理研究领域中一项不可缺少的研究手段。虽由于标记物的不同而派生出许多不同种类的免疫组织化学技术方法，但其基本技术流程大体是相同的，都是以免疫学的抗原-抗体反应为基础。免疫组化法大体可分为免疫酶标法、免疫荧光法、免疫胶体金法、亲和组织化学法等。免疫组化实验中所用的抗体分为单克隆抗体、多克隆抗体和基因工程抗体。单克隆抗体（monoconal anti-body,McAb）是同一个B淋巴细胞被克隆后分泌的抗体，应用细胞融合杂交瘤技术免疫动物制备。多克隆抗体（polyclonal antibody,PcAb）是将纯化后的抗原直接免疫动物后，从动物血中所获得的免疫血清，是多个B淋巴细胞克隆所产生的抗体混合物。基因工程抗体（genetically engineered antibody）是采用 DNA 重组技术及蛋白质工程技术，在基因及蛋白质水平上直接切割、拼接或修饰组装的抗体，具有特异性更强、稳定性更好的特点（图 2-3-45，图 2-3-46）。