同工酶谱系、表面标记抗原以及核型技术是用来测定一个已知细胞种及细胞种间交叉污染的重要方法。

（一）同工酶

用测定G-6-PD、LDH、NP同工酶的移动度可证实一个细胞系的种属来源。用同样的方法，也可检测细胞系种内是否有交叉污染。来源于同一种属不同个体的细胞系，对某一特定的酶的表达常是由不同的共显性等位基因控制，其产物具有多型性，用电泳技术可将其分辨出。大多数情况下，这种等位同工酶的表型是稳定的。因此，这种同种异体同工酶的表型可作为该细胞系同种异体同工酶的遗传特征。

在人的细胞系中，有多种同种异体同工酶被用于为细胞鉴定提供可靠的证据，如腺苷酸脱氨酶（ADA）、6-磷酸葡萄糖脱氢酶（G6PD）、脂酶D(ESD)、葡萄糖磷酸变位酶1和3（PGM-1、PGM-3）等。利用同样方法测定其他同种异体同工酶可提高细胞系鉴定的质量，这些酶包括酸性磷酸酶（ACP-1）、乙二醛酶-1(GLO-1)、苹果酸脱氢酶（ME-2）α-岩藻糖酶（FUCA）、腺苷酸激酶（AK-1）。有关具体的方法学请参阅相关文献。

多型性同工酶也可用于鼠细胞系和杂合细胞系的鉴定。用于这些细胞系测定细胞种内交叉污染的酶包括：酯酶（Es-1和Es-2）、二肽酶1(DPEP-1)、谷氨酸-草酰乙酸-转氨酸2(GOT-2)、异柠檬酸脱氢酶1（依赖NADP）、NADP苹果酸酶（NADP-ME）、葡萄糖磷酸异构酶1（CPI-1）和磷酸葡萄糖变位酶1和2(PGM-1和PGM-2)。

（二）血型及主要组织相容性抗原的测定

人类细胞的细胞膜表面存在的血型及人白细胞抗原（HLA）是鉴定培养细胞的另一类有关的特征，但在某些情况下，可以造成这类抗原的不表达或部分表达。血型抗原存在于原代培养的正常人上皮细胞，以及连续培养的一些上皮细胞系的细胞表面，检测这类抗原采用测定HLA的标准方法。

研究表明，一些血型抗原也可能存在于恶性肿瘤细胞系的细胞表面。但常常由于酶解过程使细胞表面的抗原脱失而出现假阴性，这一问题在测定培养上皮细胞表面血型抗原要注意。但这一简单的方法与其他测定细胞系（种）间污染的方法结合进行，在初步筛选中仍是有用的。

人类主要组织相容性系统包括HLA抗原存在于大多数有核细胞表面。这一组织抗原成分是由第6号染色体上5个紧密相连的共显性等位基因（77个等位基因）编码形成的，HLA是迄今所知的最为多态性的人类遗传系统之一。抗原的检测通常用两步法试验，即补体依赖的细胞毒试验及用染色法估计细胞活性的方法。该方法可以很好地应用于测定一些细胞系的类型。但在个别情况下，需要做部分修改主要的变化是由于免补体或HLA抗血清中存在着非特异性抗体。由于兔血清中存在着天然的人细胞抗体，因此，免血清是这一反应中所需补体的最好来源。这些抗体与细胞表面的其他抗原相结合能增强抗HLA抗体与抗原结合过程中依赖补体的细胞毒作用。这些抗体的特异性与滴度甚至在不同批混合免血清之间都不相同。这一问题可用以下几种方法来解决：改变培养时间，通过用不同来源和滴度的补体，用人血清稀释兔血清，或用培养细胞吸收免血清。由于最后的测定结果与抗体及每种细胞表面存在的抗原的相互作用有密切关系，因此，每个细胞系必须单独进行测定。

如果一特殊细胞表面存在HLA-同种异体抗原，其测定可用吸附抑制实验证实。在此情况下，细胞吸收血清中特异的HLA-同种异体抗原的情况可通过测定吸收后细胞毒效应缺少的程度来判定，为此在吸收前后可用已知HLA结构的一组淋巴细胞系来作对照。

（三）G显带技术

染色体分带技术是一种较为确切的鉴定细胞系特征的方法。其中包括经胰蛋白酶、吉姆萨染色处理后进行细胞核型分析的G显带技术（或称Ciemsa显带技术）。Giemsa染液显色后，每对染色体可显现出带状类型，根据这一技术可识别出染色体的微小变化，如染色体的丢失、易位等。许多细胞系保留多个染色体标志易用此法加以识别，从而可以特异地和确切地鉴别待测细胞。

（四） DNA指纹分析

重组DNA技术及克隆化DNA探针应用于鉴定和定量分析等位基因多态性，为鉴定细胞系提供了一个合理、简易的确定方法。Jeftreys利用人基因组串联重复微小卫星区域合成DNA探针。这种探针可与经电泳分离、Southem印迹转移的重复的高变基因的DNA片段杂交，经放射自显影显色确定杂交的位置。这种指纹结构具有个体特异性，它已成功地运用于法医对当事人的认定及细胞系鉴定。

DNA指纹分析的技术步骤包括：细胞DNA的抽提、限制性内切酶的消化琼脂糖凝胶电泳、Southem印迹转移DNA片段至尼龙膜上、放射活性标记的单链DNA探针的杂交、放射自显影显示膜上杂交位置。