转录组测序专注于对信使RNA（mRNA）——一种编码蛋白质的RNA分子进行序列测定与分析，目的是为了揭示转录本的结构信息，并发现新的基因。根据研究物种是否拥有已注释的参考基因组，转录组测序分为有参转录组和无参转录组两种类型。 在有参转录组研究中，所选物种需具备完整且已注释的参考基因组。研究重点在于测定样本中mRNA的表达水平，并比较不同样本组之间mRNA表达的差异。 而在无参转录组测序中，由于研究物种缺乏参考基因组，因此采用de novo组装方法，直接从转录本中获取最为完整的mRNA序列信息。这种策略有助于在没有现成基因组数据的情况下，探索和解析基因表达情况。